《建筑法》规定，建筑工程实行总承包的，工程质量由工程总承包单位负责，总承包单位将建筑工程分包给其他单位的，应当对分包工程的质量与分包单位承担连带责任。本题中，地面石材铺装属于分包单位乙施工的装修工程，应由甲和乙对地面石材花斑问题负连带责任；飘窗处墙体是由总承包单位甲施工，应由甲对飘窗墙体渗雨问题负责。故选D。