超过一定规模的危险性较大的单项工程专项施工方案应由施工单位组织召开审查论证会。
选项A错误，开挖深度超过5m（含5m）的基坑（槽）的土方开挖、支护、降水工程属于超过一定规模的危险性较大的单项工程。
选项B错误，搭设高度50m及以上落地式钢管脚手架工程属于超过一定规模的危险性较大的单项工程。
选项C正确，地下暗挖工程、顶管工程、水下作业工程属于超过一定规模的危险性较大的单项工程，应组织专家论证。
选项D错误，临时用电工程属于危险性较大的单项工程而非超过一定规模的危险性较大的单项工程，故无须组织专家论证。
选项E正确，开挖深度超过16m的人工挖孔桩工程属于超过一定规模的危险性较大的单项工程，应组织专家论证。故选CE。