在职能组织结构中，每一个职能部门可根据它的管理职能对其直接领导和非直接领导的项目部下达工作指令，因此，每一个项目部都可能收到其直接和非直接的上级部门下达的工作指令，就会有多个矛盾的指令。在线性组织结构中，施工企业的每一个部门只能对其直接的下属部门下达工作指令，每一个工作部门也只有一个直接的上级部门，因此，每一个工作部门只有唯一的指令，避免了由于矛盾的指令而影响组织系统的运行。但在一个特大的工程项目中，由于线性组织结构模式的指令路径过长，有可能会造成项目施工管理在一定程度上运行困难。矩阵组织结构模式适用于比较大的机电工程项目。