水利工程项目建设实行项目法人[责任制]、招标投标制和建设监理制，简称“三项”制度，故A错误；水利工程建设监理是指具有相应资质的水利工程建设监理单位，受项目法人（或建设单位）委托，按照[监理合同]对水利工程建设项目实施中的质量、进度、资金、安全生产、环境保护等进行的管理活动，包括水利工程施工监理、水土保持工程施工监理、机电及金属结构设备制造监理、水利工程建设环境保护监理，故B错误；水利工程建设监理实行总监理工程师负责制，故C正确；水利工程建设项目代建制为建设实施代建，代建单位对水利工程建设项目施工准备至竣工验收的建设实施过程进行管理，故D正确；可以支付代建单位利润或奖励资金，一般不超过代建管理费的10%。故E正确。