除专用合同条款另有约定外，质量保证金原则上采用质量保证金保函方式，选项A错误。
在工程项目竣工前，承包人已经提供履约担保的，发包人不得同时预留工程质量保证金，选项B正确。
在支付工程进度款时逐次扣留时，质量保证金的计算基数不包括预付款的支付、扣回以及价格调整的金额，选项C错误。
发包人累计扣留的质量保证金不得超过工程价款结算总额的3%，选项D错误。