施工总承包单位根据分包单位编制的工资支付表，通过农民工工资专用账户直接将工资支付到农民工本人的银行账户，并向分包单位提供代发工资凭证，A错误。
农民工工资应当以货币形式通过银行转账或者现金支付给农民工本人，不得以实物或者有价证券等替代，B错误。
用人单位应当按照工资支付周期编制书面工资支付台账，并至少保存3年，D错误。