A正确，采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金。
B错误，在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，建设单位不得同时预留工程质量保证金。
C错误，发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。
D错误，发包人返还工程质量保证金后，不影响承包人根据合同约定或者法律规定履行工程保修义务。