B项错误，竣工图应按单位工程分专业进行立卷。
C项错误，竣工验收文件应按单位工程分专业进行立卷。
D项错误，电子文件立卷时，每个工程应建立多级文件夹，应与纸质文件在案卷设置上一致，并应建立相应的标识关系。