仪器设备档案归档范围中，“验收调试阶段”包括首次检定/校准证书及首次检定/校准结果确认记录等，故B选项属于验收调试阶段。“运行/使用阶段”包含多个子阶段，其中运行阶段包括运行/使用记录、运行环境监控记录等；检定/校准阶段包括期间核查计划、方案及记录等；维修/改造阶段包括故障/维修记录、升级改造分析报告等。因此A、C、D均属于运行/使用阶段应归档的内容。