1.在招标投标过程中的不妥之处和理由如下：

(1)不妥之处：开标时,由招标人检查投标文件的密封情况。

理由：《招标投标法》规定,开标时,由投标人或者其推选的代表检查投标文件的密封情况,也可以由招标人委托的公证机构检查并公证。

(2)不妥之处：评标委员会由招标人确定。

理由：一般招标项目的评标委员会采取随机抽取方式。该项目属一般招标项目。

(3)不妥之处：评标委员会的组成不妥。

理由：根据《招标投标法》规定,评标委员会由招标人的代表和有关技术、经济等方面的专家组成,成员人数为5人以上单数,其中技术经济等方面的专家不得少于成员总数的2/3。

2.B单位向招标人递交的书面说明有效。根据《招标投标法》的规定,投标人在招标文件要求提交投标文件的截止时间前,可以补充、修改或者撤回已提交的投标文件,补充、修改的内容作为投标文件的组成部分。

3.在开标后,招标人应对C单位的投标书作废标处理：因为C单位因投标书只有单位公章未有法定代表人印章或签字,不符合招标投标法的要求。

4.投标书在下列情况下,可作废标处理：

①逾期送达的或者未送达指定地点的；

②未按招标文件要求密封的；

③无单位盖章并无法定代表人签字或盖章的；

④未按规定格式填写,内容不全或关键字迹模糊、无法辨认的；

⑤投标人递交两份或多份内容不同的投标文件,或在一份投标文件中对同一招标项目报有两个或多个报价,且未声明哪一个有效（按招标文件规定提交备选投标方案的除外）；

⑥投标人名称或组织机构与资格预审时不一致的；

⑦未按招标文件要求提交投标保证金的；

⑧联合体投标未附联合体各方共同投标协议的。

5.招标对E单位的投标书作废标的处理是正确的。因为E单位未能在投标截止时间前送达投标文件。