沉井基础施工流程为：施工准备→筑岛→支垫木→装钢刃脚→支立底模→支立内模→绑扎钢筋→支立外模→浇筑底节混凝土→抽垫木→抽水下沉→接高下沉→清理基底→封底→填充和井盖施工。