本题中ACD都存在实质性错误，虽然B选项的文字表达不甚完整，应加上“应当在收讫竣工验收备案文件15日内”这样一个时间内容，但是从总体意思上，排除法应选B选项。
2009年10月住房和城乡建设部经修改后发布的《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》规定，建设单位应当自工程竣工验收合格之日起15日内，依照本办法规定，向工程所在地的县级以上地方人民政府建设主管部门（以下简称备案机关）备案。因此，A选项错误。
《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》规定，备案机关收到建设单位报送的竣工验收备案文件，验证文件齐全后，应当在工程竣工验收备案表上签署文件收讫。
本题中，D选项是“同意意见”而非“收讫”，因此D错误。
工程质量监督机构应当在工程竣工验收之日起5日内，向备案机关提交工程质量监督报告。因此，C选项错误。
备案机关发现建设单位在竣工验收过程中有违反国家有关建设工程质量管理规定行为的，应当在收讫竣工验收备案文件15日内，责令停止使用，重新组织竣工验收。因此，B选项正确。
【考点来源】2Z207045竣工验收报告备案的规定