根据附录C中C.0.5的规定，圆柱体试件尺寸的允许差值为：端面不平整度为每100mm长度不应大于0.05mm，垂直度不应大于2°。所以钻取直径100mm的芯样，将芯样断面切割并磨平，端面不平整度不大于0.05mm，垂直度不大于2°。