根据《公路水运工程质量检测管理办法》第八条：申请公路工程甲级、交通工程专项，水运工程材料类甲级、结构类甲级检测机构资质的，应当按照本办法规定向交通运输部提交申请。
申请公路工程乙级和丙级、桥梁隧道工程专项，水运工程材料类乙级和丙级、结构类乙级检测机构资质的，应当按照本办法规定向注册地的省级人民政府交通运输主管部门提交申请。