直线职能式组织结构吸收直线式组织结构和职能式组织结构的优点而形成。与职能式组织结构相同的是，在各管理层设置职能部门，但职能部门只作为相应层级领导的参谋，在其所管辖业务范围内实施管理，不直接指挥下级，与下一层级职能部门构成业务指导关系。职能部门的指令，必须经过同层级领导的批准才能下达。各管理层级之间按直线式组织结构原理构成直接上下级关系。