工程项目质量控制系统与质量管理体系在作用的时效性、建立的对象、服务的范围、控制的目标及评价的方式五个方面存在不同点。项目质量控制系统与监理项目相融合，是项目监理机构一次性的质量工作系统，并非监理单位永久性的质量管理体系，即作用的时效不同。