根据《仪器设备管理要点》中关于建档与档案管理的规定，仪器设备在运行/使用阶段的归档范围包括：(1)运行阶段：运行/使用记录、外部现场使用核查记录、运行环境监控记录等（选项A正确）；(2)检定/校准阶段：检定/校准证书、检定/校准结果确认记录、修正信息使用记录等（选项C正确）；(3)维护保养阶段：维护保养计划、记录等；(4)维修/改造阶段：故障/维修记录等（选项D正确）。选项B“首次检定/校准证书及结果确认记录”属于验收调试阶段的归档范围，不属于运行/使用阶段。因此，正确答案为A、C、D。