根据《水利水电工程合理使用年限及耐久性设计规范》（SL 654）及教材“混凝土中水溶性氯离子和氯离子总量检测”规定，设计使用年限为100年的水工结构，混凝土中的氯离子含量不应大于0.06%。因此选项B正确，A、C、D错误。