建设工程项目质量控制体系是项目目标控制的一个工作系统，与建筑企业或其他组织机构按照GB/T19000/ISO9000族标准建立的质量管理体系相比较，有如下不同：

1)建立的目的不同项目质量控制体系以项目为对象，只用于特定的项目质量控制，而不是用于建筑企业或组织的质量管理，其建立的目的不同。

2)服务的范围不同项目质量控制体系涉及项目实施过程所有的质量责任主体，而不只是针对某一个企业或组织机构，其服务的范围不同。

3)控制的目标不同项目质量控制体系的控制目标是项目的质量目标，并非某一具体企业或组织的质量管理目标，其控制的目标不同。

4)作用的时效不同项目质量控制体系与项目投资控制、进度控制、职业健康安全与环境管理等目标控制体系，共同依托于同一项目管理的组织机构，是一次性的质量工作体系，随着项目的完成和项目管理组织的解体而消失，并非永久性的质量管理体系，其作用的时效不同。

5)评价的方式不同项目质量控制体系的有效性一般由项目管理的组织者进行自我评价与诊断，不需进行第三方认证，其评价的方式不同。