大中型和国家重点水利工程建设项目应在竣工验收前开展档案验收；其他水利工程建设项目可在竣工验收前开展档案验收，也可在竣工验收时同步开展档案验收。未进行档案验收或档案验收不合格的，不得进行或通过竣工验收。
国务院或国家发展和改革委员会组织竣工验收的项目，由国家档案主管部门或按照国家有关规定组织档案验收。水利部、流域管理机构、地方水行政主管部门组织竣工验收的项目，由其档案工作机构组织档案验收，必要时可根据项目实际情况，会同项目所在地相应档案主管部门共同组织。