选项A正确，废电池、废墨盒等有毒有害的废弃物应封闭回收，不应混放。
选项B正确，碎石和土石方类等应用作地基和路基回填材料。
选项C正确，建筑垃圾回收利用率应达到30%。选项D错误，有毒有害废物分类率应达到100%。故选D。