A错误，《建设工程质量管理条例》规定，施工单位不履行保修义务或者拖延履行保修义务的责令改正，处10万元以上20万元以下的罚款，并对在保修期内因质量缺陷造成的损失承担赔偿责任。
B错误，由他人原因造成的缺陷，发包人负责组织维修，承包人不承担费用，且发包人不得从保证金中扣除费用。
C错误，承包人维修并承担相应费用后，不免除对工程的损失赔偿责任。
D正确，缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。
E正确，缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。