竣工决算审计的程序应包括以下四个阶段：
（1）审计准备阶段。包括审计立项、编制审计实施方案、送达审计通知书等环节。
（2）审计实施阶段。包括收集审计证据、编制审计工作底稿、征求意见等环节。B选项错误。
（3）审计报告阶段。包括出具审计报告、审计报告处理、下达审计结论等环节。A、C选项错误。
（4）审计终结阶段。包括整改落实和后续审计等环节。D、E选项正确。