选项A正确、B错误：设计单位应当根据勘察成果文件进行设计，提交的设计文件应当符合相关技术标准规定的设计深度要求，并注明工程及其水工建筑物合理使用年限。水利工程施工图设计文件，应当以批准的初步设计文件以及设计变更文件为依据。
选项C错误：设计单位发现违反设计文件施工的情况，应当及时通知项目法人和监理单位。
选项D正确：除有特殊要求的原材料、中间产品和设备外，设计单位不得指定生产厂家和供应商。
选项E正确：设计单位应当参与水利工程质量事故分析，提出相应的技术处理方案。