土的工程分类依据包括土颗粒组成特征、塑性指标及有机质存在情况三方面。其中，划分粒组（如砾粒、砂粒、粉粒、黏粒等）的核心依据是土的颗粒组成特征，即以颗粒粒径大小及其级配来划分不同粒组。塑性指标主要用于细粒土的进一步分类，有机质含量用于判定有机质土，含水率并非分类依据。因此选D。