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仲裁事项是当事人提交仲裁的具体争议事项。仲裁庭只能在仲裁协议确定的仲裁事项的范围内进行仲裁。当事人以仲裁裁决事项超出仲裁协议范围为由申请撤销仲裁裁决，经审查属实的，人民法院应当撤销仲裁裁决中的超裁部分。本题中，施工合同仅约定工程质量争议由甲仲裁委员会仲裁，则双方无法另行达成仲裁协议时，甲仲裁委员会无权对工程款纠纷管辖，故A选项不正确。本合同仲裁条款约定体现了当事人意思自治，合法有效，则B选项不正确。C选项很好地区分了仲裁机构与人民法院的管辖权，正确。双方既可以签订补充仲裁协议，也可直接依据合同仲裁条款就工程质量争议申请仲裁，或对工程价款纠纷提起诉讼。因此D选项不正确。