建设工程平行承发包模式的缺点是：①合同数量多，会造成合同管理困难；②工程造价控制难度大，表现为：一是工程总价不易确定，影响工程造价控制的实施；二是工程招标任务量大，需控制多项合同价格，增加了工程造价控制难度，三是在施工过程中设计变更和修改较多，导致工程造价增加。