1.在招标投标过程中的不妥之处和理由如下：
（1）不妥之处：开标时，由招标人检查投标文件的密封情况。
理由：《招标投标法》规定，开标时，由投标人或者其推选的代表检查投标文件的密封情况，也可以由招标人委托的公证机构检查并公证。
（2）不妥之处：评标委员会由招标人直接确定。
理由：一般招标项目的评标委员会采取随机抽取方式。该项目属一般招标项目。
（3）不妥之处：评标委员会的组成不妥。
理由：根据《招标投标法》规定，评标委员会由招标人的代表和有关技术、经济等方面的专家组成，成员人数为5人以上单数，其中技术经济等方面的专家不得少于成员总数的2/3。
2.B单位向招标人递交的书面说明有效。根据《招标投标法》的规定，投标人在招标文件要求提交投标文件的截止时间前，可以补充、修改或者撤回已提交的投标文件，补充、修改的内容作为投标文件的组成部分。
3.在开标后，招标人应对C单位的投标书作废标处理：因为C单位因投标书没有单位公章未有法定代表人印章或签字，不符合招标投标法的要求。
4.投标书在下列情况下，可作废标处理：
（1）逾期送达的或者未送达指定地点的；
（2）未按招标文件要求密封的；
（3）无单位盖章并无法定代表人签字或盖章的；
（4）未按规定格式填写，内容不全或关键字迹模糊、无法辨认的；
（5）投标人递交两份或多份内容不同的投标文件，或在一份投标文件中对同一招标项目报有两个或多个报价，且未声明哪一个有效（按招标文件规定提交备选投标方案的除外）；
（6）投标人名称或组织机构与资格预审时不一致的；
（7）未按招标文件要求提交投标保证金的；
（8）联合体投标未附联合体各方共同投标协议的。
5.招标人对E单位的投标书作废标的处理是正确的。因为E单位未能在投标截止时间前送达投标文件。